Im Bereich der Lungenbläschen (Alveolen) sind Lungenentzündungen die häufigsten Störungen, die in der Regel durch Bakterien (fast immer Pneumokokken) ausgelöst werden. Früher sind an Lungenentzündung viele Patienten gestorben. Heute kann man sehr wirksame Antibiotika einsetzen. Viele andere Mikroorganismen führen zu ganz unterschiedlichen Krankheitsbildern in den Lungenbläschen. Als besonderes Beispiel mit lokaler Zerstörung des Gewebes ist hier die Tuberkulose zu nennen.

Die Lungenbläschen selbst können aber auch in ihrer Struktur teilweise aufgelöst werden - vor allem durch Inhalationsrauchen. Die innere Oberfläche der Lunge, die etwa 100 qm beträgt, nimmt dann stark ab. Es entsteht ein Lungenemphysem. Diese Patienten leiden vor allem bei körperlicher Belastung unter Luftnot.

Außerdem treten im Bereich der Lungenbläschen vernarbende Erkrankungen (Lungenfibrosen) auf, die durch ganz unterschiedliche Faktoren verursacht werden können. Zum Beispiel kann ein Mangel an Surfactant (dem schützenden Oberflächenfilm der Alveolen) vorliegen, der für die Funktion der Lungenbläschen eine entscheidende Rolle spielt, was mitunter zu einer Lungenfibrose führt (zum Beispiel bei Membransyndrom oder Schocklunge).