Die meisten Erkrankungen setzen sich im Bronchialsystem fest. Wie bei Nase und dem Kehlkopf treten akute Entzündungen (akute Bronchitis) am häufigsten auf. Diese werden vorwiegend durch Viren ausgelöst und heilen oft komplikationslos ab. Sie können aber auch einen komplizierteren Verlauf nehmen, wenn die vorgeschädigte Schleimhaut zusätzlich von Bakterien besiedelt wird. Dann sind Antibiotika erforderlich.

Da das Bronchialsystem eine Muskulatur hat, kann sich diese bei Reizung durch inhalierte Schadstoffe zusammenziehen. Bekanntestes Beispiel ist das Asthma bronchiale. Hier führen insbesondere  Allergene oder Reizstoffe (wie zum Beispiel Rauch oder kalte Luft) zum Zusammenziehen. Das führt dann zu anfallsartiger Luftnot.

Eine chronische Einengung der Bronchien wird insbesondere durch Zigarettenrauchen ausgelöst. Das setzt in der Regel langjähriges Inhalationsrauchen voraus. Es entsteht dann eine chronisch-obstruktive Bronchitis, oft kombiniert mit einem Verlust an Lungenoberfläche (Emphysem). Beide Krankheitsbilder werden auch als COPD zusammengefasst. Ebenfalls im wesentlichen durch Inhalationsrauchen verursacht können sich an den Bronchien Tumoren bilden (Bronchialkarzinom).

Wenn ein Kind ein Spielzeug (z.B. einen kleinen Zahlenwürfel) verschluckt und der Gegenstand in die Luftröhre gelangt (Fremdkörperaspiration), rutscht er von dort bevorzugt in den rechten Hauptbronchus weiter. Denn dieser ist etwas weiter und verläuft steiler abwärts als der linke, der sich in seiner Form an das darunter liegende Herz anpassen muss. Von hier muss der Gegenstand dann bronchoskopisch entfernt werden.